Vestager sinh ra ở Glostrup, Zealand, con gái của các bộ trưởng Luther Hans Vestager và Bodil Tybjerg.[1][2] Cô trúng tuyển vào trường trung học phổ thông Varde năm 1986. Cô học tại Đại học Copenhagen, tốt nghiệp năm 1993 với bằng kinh tế học.[3] Vestager nói tiếng Đan Mạch, tiếng Anh và một ít tiếng Pháp.[4]